Po fenomenalnym finale pierwszego sezonu poprzeczka była zawieszona bardzo wysoko. Sezon drugi, zatytułowany Legacy of the Green Ninja i emitowany w 2012 roku, nie tylko sprostał oczekiwaniom, lecz także je przewyższył. Trzynaście odcinków przyniosło bowiem dojrzalszą narrację, głębszy rozwój postaci i jeden z najbardziej emocjonalnych finałów w całej historii serialu. Twórcy podjęli odważną decyzję, aby uczynić Lloyda centralną postacią sezonu. Jednocześnie sezon drugi rozbudował motyw konfliktu ojciec – syn.
Mega Broń
Po pokonaniu „Pożeracza” ninja intensyfikują trening Lloyda jako przepowiedzianego Zielonego Ninja, przygotowując go do nieuchronnej bitwy z ojcem. Garmadon zdobywa cztery Złote Bronie i przekuwa je w potężną Mega Broń, za pomocą której tworzy przeszkody utrudniające drużynie trening. W pierwszych odcinkach sezonu Garmadon używa Mega Broni do wskrzeszenia załogi statku perły przeznaczenia, na czele z Kapitanem Soto. Piraci Soto atakują Ninjago City, jednak ninja skutecznie ich odpierają. Garmadon ucieka jednak z przejętym statkiem, przemianowanym na “czarną perłę”. Kolejne odcinki przynoszą dalsze eksperymenty z Mega Bronią – Garmadon próbuje cofnąć czas, by nie dopuścić do narodzin ninja jako drużyny. Każda próba kończy się jednak niepowodzeniem, ponieważ Mega Broń ma swoje ograniczenia i niszczy się po każdym użyciu.
Wyspa Ciemności
Garmadon sojuszuje się z Overlorderm na odległej Ciemnej Wyspie, gdzie budzą starożytne Kamienne Wojsko – niezniszczalną armię stworzoną przez Overlorda do walki z Pierwszym Mistrzem Spinjitzu. W pierwszej połowie sezonu Garmadon jest głównym antagonistą i kontroluje Wężonów, natomiast w drugiej połowie głównym antagonistą staje się sam Overlord, a Kamienne Wojsko zastępuje Wężonów jako główna siła zła. Ninja odkrywają istnienie Ciemnej Wyspy i wyruszają tam statkiem, by powstrzymać plany Garmadona. Nya zostaje schwytana przez Kamienne Wojsko i skażona Ciemną Materią, stając się sługą Overlorda. To jeden z najbardziej dramatycznych momentów sezonu, ponieważ ninja muszą walczyć z własną sojuszniczką. Overlord stopniowo przejmuje coraz większą kontrolę nad Garmadonem, wypierając jego wolę.
Świątynia Światła i Elementarne Ostrza
Po dotarciu na Ciemną Wyspę ninja docierają do Świątyni Światła, gdzie łączą moce i koncentrują je na Lloydzie. To kluczowy moment sezonu, bo Lloyd przechodzi przemianę z Zielonego Ninja w Złotego Ninja, zyskując ogromną moc. Ninja otrzymują przy tym Elementarne Ostrza – nową broń dostosowaną do żywiołu każdego z nich. Garmadon przejmuje kontrolę nad Kamiennym Armią za pomocą Hełmu Cieni, natomiast ninja próbują zwrócić hełm na jego piedestał, by zatrzymać Zegar Niebiański i opóźnić finałową bitwę. Wątek Zegara Niebiańskiego jest jednym z ciekawszych elementów drugiej połowy sezonu, ponieważ wprowadza presję czasową do narracji. Misako, matka Lloyda i miłość Sensei’a Wu, odgrywa kluczową rolę w odkrywaniu tajemnic Ciemnej Wyspy i prowadzeniu ninja przez jej niebezpieczeństwa.
Lloyd kontra ciemność
Garmadon używa superbroni, by zakazić Ciemną Materią wioskę Jamanakai, zaburzając równowagę między dobrem a złem i pozwalając duchowi Overlorda opanować jego ciało. Overlord w ciele Garmadona atakuje Ninjago, zamieniając miasto w mroczną krainę. Lloyd jako Złoty Ninja staje do finałowej bitwy z Overlorderm, używając swojej Złotej Mocy, by pokonać go i uratować Ninjago. Po zakończeniu Ostatecznej Bitwy Garmadon zostaje oczyszczony ze zła i powraca do Ninjago jako Sensei Garmadon. To niezwykle odważne zakończenie, bo twórcy całkowicie przeformułowali jedną z centralnych postaci serialu.
