Po finale sezonu drugiego Ninjago wkroczyło w zupełnie nowy rozdział. Po zwycięstwie Lloyda nad Overlorderm Ninjago City zostało odbudowane przez Cyrusa Borga w futurystyczną metropolię zwaną New Ninjago City. Ninja stracili wrogów i zostali nauczycielami w akademii Sensei Wu. Jednak spokój szybko okazuje się iluzją, a powrót Overlorda jako cyfrowego wirusa otwiera najciemniejszy i najbardziej technologiczny rozdział w historii serialu. Co istotne, sezon trzeci jest jedynym sezonem skupionym wyłącznie na Zane’ie jako głównym bohaterze.
Nowe Ninjago City i powrót Overlorda
Ninja odkrywają, że Overlord przeżył finałową bitwę i jest uwięziony w cyfrowym świecie jako wirus. Cyrus Borg potajemnie przekazuje im Techno Ostrza – jedyną broń zdolną zniszczyć Overlorda od środka. Overlord przejmuje P.I.X.A.L. i używa jej do stworzenia armii Nindroidów zbudowanych na podstawie planów technicznych Zane’a. To wyjątkowo mroczny zabieg fabularny, bo Zane staje twarzą w twarz z armią istot skopiowanych z jego własnej konstrukcji. Ninja niszczą główną stację energetyczną, wyłączając zasilanie całego miasta, jednak P.I.X.A.L. zostaje przez to dezaktywowana. Zane poświęca połowę własnego źródła energii, aby ją uratować.
Walka w cyfrowym świecie
Kluczowym elementem sezonu jest cyfrowy świat – wirtualny wymiar istniejący wewnątrz sieci New Ninjago City. Ninja muszą wejść do niego, aby pokonać Overlorda od środka. Ninja docierają na szczyt wieży Borga i wbijają Techno Ostrza, jednak okazuje się, że Overlord odciął obwód do płyty głównej. Tymczasem Sensei Wu zostaje opanowany przez Overlorda i przemieniony w Techno Wu. Pythor, który przeżył pochłonięcie przez Wielkiego Devourera, kradnie dysk twardy z Overlorderm. To jeden z najbardziej zaskakujących powrotów w serialu, bo Pythor był uważany za martwego od finału sezonu pierwszego. Warto dodać, że właśnie w trakcie walki pada jedno z najsłynniejszych zdań serialu. Kai chce ratować Nyę wbrew statystykom, a Zane ostrzega go, że matematycznie nie mają szans. Kai odpowiada: „To nie chodzi o statystyki. To chodzi o rodzinę.” Zane zapamiętuje te słowa i sam powtarza je Overlordowi w ostatecznej bitwie.
Złoty Mistrz, kosmos i ostateczna konfrontacja w New Ninjago City
Overlord wysyła Nindroidy w kosmos, aby odzyskały Złote Bronie z konstelacji Arcturus – i misja kończy się sukcesem. Dzięki temu Overlord ucieleśnia się w świecie fizycznym jako Złoty Mistrz, wypełniając starożytną przepowiednię Wężonów. Ninja budują miniaturową rakietę z resztek statku Nindroidów i wracają na Ninjago, gdzie zastają Overlorda przeobrażającego New Ninjago City w potężną twierdzę. Cyrus Borg ucieka do Twierdzy Wytrwałości i przekazuje ninja pigułkę zmniejszającą jako ostatnią deskę ratunku. Pythor połyka pigułkę i kurczy się do rozmiarów robaka, po czym zostaje przepłoszony przez Sokoła. Ninja są bezsilni wobec Złotego Mistrza, który pochłania kolejnych wojowników. W tej beznadziejnej sytuacji to właśnie Zane podejmuje ostateczną decyzję.
Poświęcenie Zane’a
Zane prosi przyjaciół, aby podrzucili go w kierunku Overlorda. Chwyta go i zaczyna przeciążać własne systemy energetyczne, wspominając wdzięcznie swoją przeszłość. Zamrarza Złotego Mistrza kosztem własnego życia. To jeden z najbardziej wstrząsających momentów w całej historii serialu, tym bardziej że towarzyszą mu wspomnienia Zane’a – jego ojciec, stworzenie, misja. Na pogrzebie Zane’a Cyrus Borg odsłania jego tytanowy posąg i nadaje mu tytuł Tytanowego Ninja. Jako jedyny głos zabiera Kai, mówiąc: „Wszyscy zastanawiali się, co zasilało Zane’a. Nie wiem, czy kiedykolwiek się dowiemy, ale myślę, że to było braterstwo. Bo on zasilał mnie.” Zaczyna padać śnieg – ostatni ukłon Zane’a w stronę przyjaciół. Jednak ostatnia scena sezonu rozgrywa się w wieży Borga, gdzie P.I.X.A.L. widzi na ekranach wiadomość od Zane’a – przeżył, przenosząc swojego ducha do cyfrowego świata i odbudowując się jako Tytanowy Ninja. Ta scena zapowiadała sezon czwarty „Turniej Żywiołów”, w którym ninja ruszają na poszukiwanie zaginionego przyjaciela.
